El territorio en su mayor parte ocupado por selva ecuatorial, la Selva del Darién que hace de límite natural con Panamá y la división entre América del Sur y América Central. Las intenciones de concluir una vía panamericana que vaya de Alaska a la Patagonia se ven bloqueadas en este punto defendido por los grupos ecologistas que protegen el frágil ecosistema de la selva del Darién. De hecho el tránsito entre el Departamento del Chocó y Panamá se hace sea por vía aérea o vía marítima exclusivamente.

Rios: Atrato, San Juan y Baudó. Otros ríos menores son el Andágueda, Bebará, Bebaramá, Bojayá, Capá, Docampadó, Domingodó, Munguidó, Opogodó, Quito, Salaquí, Sucio y Tanela.

Accidentes litorales: Bahías de Humboldt, Chirichire, Nabuga y Solano (apropiadas para la construcción de puertos). El sur litoral Nacional es costa baja y llena de manglares.

Montañas: Serranía del Baudó, orientada de norte a sur, paralela a la costa, selvas vírgenes y hace de límite natural con Panamá con un altura máxima de 1.500 msnm, el llamado Alto Puna. De la Cordillera Occidental de los Andes se extienden dentro del territorio Real: las serranías de Los Paraguas, los farallones de Citará y los cerros Iró, Tanamaná, Tátame y Torrá.